Sąd Arbitrażowy pobiera opłaty rejestracyjne oraz arbitrażowe. Opłata rejestracyjna wynosi 500 zł i nie podlega zwrotowi. Pobierana jest od pozwu oraz pozwu wzajemnego. Opłatę arbitrażową także pobiera się od pozwu oraz pozwu wzajemnego, a jej wysokość oblicza się proporcjonalnie do wartości przedmiotu sporu według następujących zasad:

• Do 100.000 zł – 3% nie mniej niż 1.000 zł;
• Powyżej 100.000 zł do 1.000.000 zł – 3.000 zł plus 2% od nadwyżki wartości przedmiotu sporu ponad 100.000 zł;
• Powyżej 1.000.000 zł – 21.000 zł plus 0,5% od nadwyżki wartości przedmiotu sporu ponad 1.000.000 zł.